
Exlehendakari del Gobierno Vasco
Comenzó su carrera política en 1979 afiliándose al Partido Nacionalista Vasco (EAJ-PNV). Tras cuatro años de militancia, su partido le presentó como candidato a la alcaldía de Llodio en las elecciones municipales de 1983, que consiguió aun sin disponer su partido de mayoría absoluta. Ocupó el cargo hasta 1987. Ibarretxe compaginó su cargo de alcalde con su presencia en las Juntas Generales de Álava (donde fue procurador entre 1983 y 1994, y presidente entre el 30 de septiembre de 1986 y el 26 de junio de 1991) y en el Parlamento Vasco, para el que fue elegido miembro en 1984 (II Legislatura).
Dos años después de su acceso al Parlamento Vasco, fue nombrado presidente de la Comisión de Economía y Presupuestos, responsabilidad que desempeñó durante tres legislaturas (II, III y IV), hasta el 4 de enero de 1995, cuando, tras las elecciones autonómicas, el lehendakari José Antonio Ardanza le nombró vicelehendakari de su gobierno y consejero de Hacienda y Administración Pública (V Legislatura).
Ibarretxe fue vicelehendakari hasta el final de la legislatura, en 1999. Desde 1994 había venido ocupando la presidencia de la Comisión Económica y Financiera del Consejo de la Universidad del País Vasco, a la vez que era también coordinador del seminario Euzkadi en la Unión Europea de la Fundación Sabino Arana, vinculada al PNV.
Como Consejero de Hacienda y Administración Pública, Ibarretxe fue el jefe de la delegación del Gobierno Vasco en la negociación para la renovación del Concierto Económico vasco y el cálculo del cupo correspondiente entre marzo y mayo de 1997. Esta negociación, en la que tuvo enfrente al entonces vicepresidente segundo del Gobierno, Rodrigo Rato, estuvo enmarcada dentro del acuerdo entre el Partido Popular y el PNV para la investidura de José María Aznar como presidente del Gobierno en 1996. Como resultado, las Haciendas de los territorios históricos consiguieron una capacidad normativa y recaudatoria prácticamente plena sobre todos los impuestos, salvo el IVA.
Gracias a su éxito como negociador en la renovación del Concierto Económico vasco y al apoyo de Xabier Arzalluz, máximo dirigente del PNV como presidente del Euzkadi Buru Batzar, la Asamblea Nacional del PNV designó a Juan José Ibarretxe como candidato a Lehendakari en las elecciones autonómicas del 25 de octubre de 1998, en las que su partido obtuvo 21 escaños.
El 2 de enero de 1999 fue investido Lehendakari con el apoyo de las formaciones de adscripción nacionalista: el propio PNV, Eusko Alkartasuna y Euskal Herritarrok (plataforma electoral constituida por Herri Batasuna y otras organizaciones de la izquierda abertzale). En marzo se llegaba a un pacto de gobierno entre las tres fuerzas nacionalistas, formándose un gobierno de coalición entre el PNV y EA. Posteriormente, en mayo se firmó un acuerdo de legislatura con EH. El apoyo abertzale a la investidura y el posterior acuerdo de legislatura fueron posibles gracias al Pacto de Estella, que habían firmado los tres partidos.
Tras el atentado de ETA del 21 de enero de 2000, en el cual fue asesinado un Teniente Coronel de Intendencia del Ejército, Ibarretxe dejó en suspenso su pacto de legislatura con EH, pacto que se rompería definitivamente tras el asesinato por parte de ETA del dirigente socialista alavés Fernando Buesa y su escolta (22 de febrero de 2000). La ruptura del acuerdo parlamentario y el subsiguiente abandono de la cámara por parte de EH en septiembre dejó al gobierno PNV-EA en minoría parlamentaria. Tras varios meses de precariedad parlamentaria, debido a la activa oposición de socialistas y populares, anunció elecciones anticipadas para el 13 de mayo del 2001. La legislatura finalizada había sido la más corta del Parlamento vasco desde la llegada de la democracia, y finalizaba con altos grados de crispación política y una renovada ofensiva de la organización terrorista ETA.
En los comicios de mayo de 2001 el PNV y Eusko Alkartasuna se presentaron en coalición y obtuvieron 33 escaños. Ibarretxe fue investido Lehandakari el 12 de junio de 2001.
La ilegalización de Batasuna (organización en la que se había refundado EH en junio de 2001) y las presiones del gobierno central en manos del Partido Popular hicieron que los últimos años de ese gobierno fueran difíciles ya que no tenía la mayoría absoluta del Parlamento.
En cumplimiento de su programa electoral, el Gobierno Vasco propuso una reforma del estatuto de autonomía del País Vasco, con el nombre de Estatuto Político de la Comunidad de Euskadi, más conocido por el nombre de su promotor: Plan Ibarretxe. Este Plan proponía la «libre asociación» entre el País Vasco y España, la soberanía compartida y el derecho de autodeterminación, planteando un nuevo marco jurídico en el que la práctica totalidad de las competencias estarían en manos de las instituciones del País Vasco, dejando al Estado español unas funciones meramente residuales. El Plan Ibarretxe fue aprobado por mayoría absoluta en el Parlamento Vasco el 30 de diciembre de 2004. La propuesta fue enviada al Congreso de los Diputados, donde fue ampliamente derrotada por 313 votos en contra, 29 a favor y 2 abstenciones. Este rechazo llevó al Lehendakari Ibarretxe a convocar elecciones para el 17 de abril de 2005.
En estas elecciones la coalición nacionalista entre PNV y Eusko Alkartasuna obtuvo 29 escaños. Este resultado fue interpretado como un rechazo de la ciudadanía a la política del Lehendakari y en especial al llamado Plan Ibarretxe.
Ibarretxe fue investido Lehendakari el 23 de junio de 2005. La VII Legislatura estuvo marcada por el proceso de negociación entre el Gobierno español y ETA para conseguir el fin de la violencia y la disolución de la organización terrorista.
En las elecciones al Parlamento Vasco de 2009, el PNV, con Juan José Ibarretxe de nuevo como candidato a lehendakari, obtuvo un total de 30 diputados. Pese a ser el partido más votado y con mayor número de escaños, el Partido Socialista es el que alcanza la lehendakaritza, al lograr los apoyos del Partido Popular y de Unión, Progreso y Democracia, que le dieron al candidato Patxi López la mayoría absoluta necesaria para acceder a la presidencia del Gobierno Vasco, por la imposibilidad de la izquierda abertzale a concurrir a las elecciones, dada su ilegalización.
Ibarretxe anunció su retirada de la actividad política el 5 de mayo de 2009, en pleno debate de investidura de Patxi López como lehendakari.