
Diputado del PSOE
En 1960 ingresó en las Juventudes Socialistas de la capital hispalense y, dos años más tarde, se afilió al PSOE como militante de la Federación Socialista de Andalucía, de la que fue secretario general hasta 1970. También fue miembro del Comité Nacional del partido hasta que ese mismo año fue designado para formar parte de su Comisión Ejecutiva. Por entonces su imagen personal era la de un joven con el típico aspecto del universitario progresista. Fue Secretario de Prensa desde 1975 y responsable de la organización del 27º Congreso del PSOE, en el que fue designado secretario de Organización y más tarde vicesecretario general del Partido.
Fue elegido Diputado en las sucesivas elecciones parlamentarias desde 1977, siendo la única persona (en 2009) que ha sido diputado desde el inicio de la democracia en España. Fue vicepresidente del Gobierno de Felipe González Márquez (PSOE) de diciembre de 1982 hasta enero de 1991, cuando dimitió por un escándalo de corrupción y tráfico de influencias en que estuvo envuelto su hermano. Desde su dimisión, sus ideas políticas quedaron reflejadas en un sector del PSOE, al que se le denominó "Sector guerrista".
Su intervención en la redacción de la Constitución Española de 1978, junto a Abril Martorell, fue fundamental para la consecución consensuada de su aprobación.
En 1982 el PSOE logró una amplia mayoría absoluta (202 diputados en el Congreso, de un total de 350) en las elecciones generales. Dicha victoria se debió a varios factores: la crisis interna del partido gubernamental (UCD, de centro-derecha), la mala coyuntura económica con las secuelas de desempleo y malestar social, y la buena organización (logro de Alfonso Guerra) y liderazgo (Felipe González) del PSOE. Además, Guerra se caracterizaba por el sarcasmo y la ironía que empleaba en los actos públicos en los que intervenía, que fue criticado de "demagógico" por sus oponentes políticos.
Autor de poemas, artículos y un buen número de obras políticas (Perspectivas de una España Democrática, El futuro del socialismo, El nuevo compromiso europeo, La democracia herida, Socialismo y cultura, etc.), su compromiso humanístico ha sido reconocido con numerosas distinciones, entre ellas, la medalla de oro de la Universidad de Roma (1984) y el doctorado "honoris causa" por la Universidad Federico Villarreal de Lima (1988).